profiliert sich als Solistin mit einer Vorliebe für ungewöhnlich anspruchsvolle Programme und beeindruckt dabei "mit Eindringlichkeit und Finesse" (Piano News). Die aus dem Kosovo stammende Pianistin, die bereits als Jugendliche zahlreiche Preise erringen konnte, ist neben internationalen Konzerten mit diversen Soloprogrammen regelmäßig als Solistin in Klavierkonzerten von Beethoven, Chopin, Grieg, Clara Schumann, Saint-Saens, Rachmaninow, Gershwin und Schostakowitsch sowie als Kammermusikerin in verschiedenen Besetzungen zu hören. 

Besondere Anerkennung erwarb sie in jüngster Zeit für ihre Darbietung der Goldberg-Variationen von J. S. Bach, die sie spielt "als wäre alles ganz einfach" (Bonner Generalanzeiger). Beim renommierten 7th International Rosalyn Tureck Bach Competition in New York wurde sie als Finalistin mit einem Preis für ihre Interpretation der Goldberg-Variationen ausgezeichnet. Ihr kürzliches Asien-Debüt im Deutschen Generalkonsulat in Karachi (Pakistan) fand ein begeistertes Echo und die landesweit erscheinende Tageszeitung Dawn schrieb unter der Überschrift "Brilliant Bach and magnificent Maliqi" von der "delightful combination of heart and mind", die ihr Bachspiel auszeichne.

Im Jubiläumsjahr 2020 wurde sie eingeladen, Beethovens größtes Klavierwerk, die DiabelliVariationen op. 120, u.a. im Rahmen des 42. Internationalen Kongresses der EPTA (European Piano Teachers Association) zu spielen. In einem Live-Mitschnitt in der Reihe "WDR3 Campus-Konzerte", in der die besten Studierenden der Musikhochschulen in NRW präsentiert werden, trug sie das monumentale Werk auf einem historischen Flügel von Conrad Graf (Sammlung Beetz) vor, der auch Beethovens letztes Instrument erbaute. Im Rahmen ihrer internationalen Konzerttätigkeit spielte sie das Werk in der Folge in mehreren Europäischen Ländern, unter anderem in London beim Summer Festival der "Beethoven Piano Society of Europe" sowie in der Konzertreihe der Gesellschaft für Musiktheater in Wien.

Als Kammermusikerin wurde sie beim Hochschulwettbewerb der Musikhochschule Münster, an der sie in der Klasse von Prof. Heribert Koch ausgebildet wird, mit dem ersten Preis ausgezeichnet und in 2022 ebenfalls für die Mitwirkung in einem "WDR3 Campus-Konzert" ausgewählt, diesmal im Duo mit dem Cellisten Nicklas Erpenbach. 

Der Komponist Ulrich Schultheiss widmete ihr seine Komposition "Escapade" für Klavier solo.

2025 wurde Fatjona Maliqi für ihre herausragenden Erfolge mit dem erstmals vergebenen „Münster Stella Award Klassik“ ausgezeichnet.